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Le périmètre d’intervention de l’EPAGE HDHL recouvre les parties amont des bassins versants du Doubs et de la Loue, reliées entre elles par des circulations souterraines.
Il s’étend sur 2 255 km² et 195 communes, situées majoritairement dans le département du Doubs, et, pour une vingtaine d’entre elles, dans le département du Jura. Cela représente un bassin de population de 126 000 habitants.
Il est le symbole de la nécessité d’évoluer vers une gouvernance renforcée sur le grand cycle de l’eau, à une échelle plus cohérente. Ainsi, le périmètre est adapté à une gestion par bassin versant.
Le Doubs est le principal affluent de la Saône, dont la confluence est à Verdun sur le Doubs, dans le Département de Saône-et-Loire, après un parcours d’environ 450 km à travers les départements du Doubs et du Jura, ainsi que la Suisse. Lebassin versant du Haut-Doubs correspond au territoire qui alimente les eaux du Doubs, de sa source, sur la commune de Mouthe, jusqu’au saut du Doubs, sur la commune de Villers-le-lac. Le Doubs s’écoule globalement vers le Nord-Est, suivant l’orientation générale des reliefs du massif du Jura. Il saute parfois d’une vallée à l’autre, entaillant la roche calcaire, et forme, à la faveur de retenues naturelles ou semi-naturelles, des lacs remarquables.
Le Drugeon est le principal affluent du Doubs, qu’il rejoint en aval de Pontarlier, après un parcours de 35 km. Le Drugeon est lié à de nombreuses zones humides, favorisées par la présence de dépôts imperméables issus de la période glaciaire. La richesse biologique qui en découle est très forte.
La Loue, plus importante résurgence karstique de France, est le principal affluent du Doubs, dont la confluence est à Parcey, dans le Département du Jura, après un parcours d’environ 130 km à travers les départements du Doubs et du Jura. Elle s’écoule à travers une succession de plateaux calcaires et de zones plissées du massif du Jura, avant d’atteindre la plaine alluvionnaire bressane. Ces 2 types de géologie donnent naissance à 2 secteurs distincts : la Haute-Loue, de la source à Arc-et-Senans, et la Basse Loue, en aval d’Arc-et-Senans. La Haute-Loue reçoit 43 affluents au cours de son tracé : cours d’eau de taille conséquente (Brême et Lison dans le département du Doubs, Furieuse et Cuisance dans le département du Jura), petits ruisseaux permanents ou temporaires, qui tous ont leurs richesses.
Le Lison est un affluent de la Loue, dans laquelle il se déverse au niveau de Lizine. Rivière karstique dotée d’une grande richesse naturelle et halieutique, il s’étend sur 25km de long. Sa source se trouve à Nans-Sous-Sainte-Anne.
Longue de 18km, la Furieuse est un affluent de la Loue, elle naît sur le territoire de Pont d’Héry dans le Jura. La Furieuse traverse ou longe sept communes, dont six d’entre elles sont situées dans le canton de Salins-les-Bains.
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